В случае, если индивидуальный предприниматель, применяющий УСН на основе патента, заключит трудовой договор или договор подряда с кем-либо, т. е. нарушит условия применения УСН на основе патента, то он тут же потеряет право на применение такого специального налогового режима и автоматически окажется на обычной системе налогообложения (п. 9 ст. 346.25.1 НК РФ). При этом стоимость патента, которую индивидуальный предприниматель оплатил государству, ему возвращена не будет. Патент на более короткий срок (квартал, полугодие, 9 месяцев) будет стоить дешевле – его стоимость подлежит пересчету в соответствии с продолжительностью того периода, на который был выдан патент.

Если вид предпринимательской деятельности для налогообложения по патенту входит в перечень видов предпринимательской деятельности, установленный для налогообложения ЕНВД, то размер потенциально возможного к получению индивидуальным предпринимателем годового дохода по данному виду предпринимательской деятельности не может превышать величину базовой доходности, установленной ст. 346.29 НК РФ в отношении соответствующего вида предпринимательской деятельности, умноженную на 30. Однако размер базовой доходности не подлежит индексации с учетом инфляции – для целей налогообложения ЕНВД такая индексация осуществляется посредством применения поправочного коэффициента К1. Поэтому с 2006 г. действуют ограничения, определенные с учетом размеров базовой доходности.